Paketleme, seçme, boylama, öğütme gibi basit işleme faaliyetleri dahi “işleme” olarak adlandırılır ve bu nedenle her bir işleme ünitesi teftiş edilmeli ve aşağıdaki kurallara uymalıdır.
•Organik ürünler sadece sertifikalı organik tarımsal girdiler ve Ek VI, bölüm A&B de belirtilmiş tarımsal olmayan girdiler ile işleme yardımcı malzemelerini içerebilir. Ek VI, bölüm C de belirtilmiş sadece birkaç girdi organik olmayan kalitede kullanılabilir. Ancak bir ürünün “organik” olarak etiketlenebilmesi için en az %95 inin organik ürünlerden oluşması gereklidir.
•Organik ürünler işlemenin herhangi bir aşamasında organik olmayan herhangi bir üründen tamamen ayrı tutulmalıdır. Bu nedenle ayrı organik işleme hatları kullanılabilir veya organik ürünün kabul, depolama veya işleme sırasında kontamine olmayacağını veya karışmayacağını garanti altına alabilecek özel önlemler alınabilir. Organik ürünler herhangi bir aşamada tanımlanabilir olmalıdır.
•Organik hammadde kabulünden birimi terk eden final ürüne değin ürün akışı iyi dokümante edilmiş olmalıdır.
•Zararlı kontrolü organik ürünlerin kontaminasyonunu önlemek amacıyla sınırlandırılmıştır.
ayrım, kontaminasyonun önlenmesi ve ürün akışının dokümantasyonu hakkındaki aynı temel kurallar organik ürünlerin depolanması sahasına da uygulanır.